实验室平面布局是实验室设计的基础，只有按照功能分区和工作流程的需求做好相应的平面布局规划才能确保后续的水、电、风等专业的设计，可谓牵一发而动全身。因此平面布局设计阶段应尽可能地详细考虑工作和发展的需求，合理配置空间，尽量优化整合。

除了布局的优化和仪器设备的摆放位置的设计外，还应充分考虑到人员流动与物品流动的方向是否符合工作要求。例如，为了避免实验人员频繁跑动，前处理室应该和仪器室在同一楼层；气瓶室应和气相色谱仪、气质联用仪等仪器在同一楼层；尽量让单层面积最大化，以避免楼层过多，每一层都要设置洗涤室、样品室以充分利用空间；生物安全室应合理布局洁净区、半洁净区、污染区，以避免交叉污染。